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TET辅助重亚硫酸盐测序(TAB-Seq)

项目介绍


DNA羟甲基化(5hmC)是新发现的一种的修饰碱基,被称为第六碱基。
Bisulfite测序并不能区分甲基化(5mC)和羟甲基化(5hmC),实际上是5mC和5hmC两种修饰的混合信号。
TET辅助重亚硫酸盐测序通过对5hmC进行糖基化保护(免受TET蛋白的氧化),而5mC和C被脱氨基成尿嘧啶,进而可以从单个碱基水平鉴定5hmC。




技术优势

单碱基分辨率的羟甲基化检测工具

相比oxBS, 不需要同时建BS文库

可以实现全基因组或者简化基因组水平检测

技术方法适合所有物种(一般推荐哺乳动物)





科学方案设计

从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析

每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计

及时高效的沟通;以保障高质量研究成果
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样本要求:基因组DNA: >= 5ug;样品浓度>50 ng/ul;无RNA和蛋白污染

建库测序:测序策略:Illumina HiSeq, PE150;测序深度:>=30X, TAB-Seq 文库; 5-10GB, TAB-RRBS 文库

信息分析



基于全基因组范围的羟甲基化分析,

直接进行单碱基5hmC Calling,

5hmC在基因组、染色体、功能元件上的分布,

多样本5hmC差异聚类,

差异DhMR鉴定及相关基因的功能分析,

结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘















用心服务每一个项目

较早开发羟甲基化测序检测技术方法的团队之一
已完成多种肿瘤及哺乳动物羟甲基化测序及oxBS测序分析
助力客户在Genome biology, Epigenetics等杂志发表多篇论文

专业的技术支持,严格的实验把关,丰富的项目经验,高效的沟通机制,用心服务好每一个项目。


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TET辅助重亚硫酸盐测序(TAB-Seq)案例展示

案例分析

人脑中全基因组5hmC5mC单碱基分辨率研究

Whole-genome analysis of 5-hydroxymethylcytosine and 5-methylcytosine at base resolution in the human brain. Genome Biol. 2014;4;15(3):R49.(IF=11.313)

一、研究背景

5-甲基胞嘧啶(5mC)可被Tet家族的酶氧化成5-羟甲基胞嘧啶(5hmC),它是5mC脱甲基的中间体,也是影响染色质结构稳定的表观遗传修饰。5hmC在哺乳动物大脑中特别丰富,但其功能目前尚不清楚。为了全面了解5hmC在人脑中的功能,需要一个高分辨率的羟甲基图。

二、方法流程

1、取材:1个成年和1个胎儿脑前额皮质

2、测序:TET辅助重亚硫酸盐测序(TAB-Seq)

TET辅助简化重亚硫酸盐测序(TAB-RRBS)

         全基因组甲基化测序(BS-Seq)

         转录组测序(RNA-Seq)

3、验证:HPLC-MS/MS: 整体羟甲基化水平

4、功能:

三、研究结果

1) 通过联合应用Tet辅助亚硫酸氢盐测序和亚硫酸氢盐测序,获得了人脑中5hmC5mC的全基因组单碱基分辨率图;

2) 5hmC从胎儿期到成年期明显增加,并且在成人脑中13%CpG高度羟甲基化,在遗传区域和远端调节元件富集;

3) 5hmC峰分布在外显子-内含子边界的剪接位点,表明5hmC与剪接之间存在联系

4) 转录相关5hmC对基因body正义链的偏向和5mC对反义链的偏向;

5) 5hmCH3K27me3H3K9me3标记的抑制性基因组区域呈负相关,且在稳定增强子处富集程度高于活性增强子。

四、研究结论

提供单碱基分辨率的人脑5hmC5mC图谱,分析结果暗示5hmC在调节剪接和基因表达方面具有新的作用。羟甲基化大部分位于稳定增强子和主动转录区的CpG位点,表明其在这些区域的表观遗传调控中的作用。

                           

                  

      图1. 人脑中的碱基分辨羟甲基化和甲基化谱                              2. 人脑羟甲基结构特征图                                    3. 显著的hmC变化标志着外显子-内含子边界





                       


               图4. 基因表达和剪接的关系图                                           5. 基因body上链偏向性的5mC5hmC分布                 6. 神经元和神经胶质中链偏向性的5mC5hmC分布




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