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染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-Seq)

项目介绍

染色质免疫共沉淀测序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq)是将染色质免疫共沉淀与高通量测序相结合的技术,研究蛋白质与DNA相互作用的经典手段。通过将测序获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。



技术优势

蛋白质与染色质形式的DNA之间的相互作用的经典方法

结合高通量测序,可以全基因组范围检测组蛋白修饰或者转录因子结合位点

科学方案设计

从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析

每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计

及时高效的沟通;以保障高质量研究成果
chipseq流程.png

基因组DNA: >= 10 ng;样品浓度>0.5 ng/ul, 片段范围在100-1000bp之间, 主峰在150-500bp

建库测序:测序策略:Illumina HiSeq, SE50/PE150;测序深度:10-30M clean reads

信息分析

基于全基因组范围的组蛋白修饰或者转录因子结合位点分析,

PeakCalling, Peak锋在基因组、染色体、功能元件上的分布

差异Peak锋鉴定及相关基因的功能分析,

结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。




分析内容

CHIPSEQ.png








用心服务每一个项目

已完成人、小鼠、拟南芥、水稻、玉米、真菌等多种物种进行染色质免疫共沉淀测序分析
助力客户在GenomicsPLoS OneGigascienceBMC Genomics等杂志发表多篇论文。

专业的技术支持,严格的实验把关,丰富的项目经验,高效的沟通机制,用心服务好每一个项目。


图片 2.png


染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-Seq)案例展示

案例分析一(团队成员发表)

索拉非尼(Sorafenib)通过表观调控机制抑制人肺上皮细胞EMT

Sorafenib inhibits epithelial-mesenchymal transition through an epigenetic-based mechanism in human lung epithelial cells. PloS one. 2013; 8: e64954.(IF=3.057)

一、研究背景

上皮向间质转变(EMT)一直被认为是原发肿瘤向转移发展的重要早期步骤。组蛋白修饰在癌症发生过程中紧密地调节基因表达和细胞活性,并且表观遗传治疗已经被开发用于设计有效的癌症治疗策略。索拉非尼作为第一种被批准用于癌症临床治疗的口服药物,对肿瘤生长和EMT有显著的抑制作用。然而,对潜在表观遗传机制的详细理解仍然未知。

二、方法流程

1、取材:肺细胞系A549 EMT模型

       对照组,

处理组: TGFβ1, TGFβ1+ Sorafenib

2、测序:染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)

3、验证:ChIP-qPCR: 验证DHMR

         RTq-PCR: 基因转录变化

4、功能:

三、研究结果

1) 通过ChIP-Seq技术检测转录激活组蛋白修饰(H3K4me3H3K9ac)和转录抑制型组蛋白修饰(H3K9me3H3K27me3),发现索拉非尼显著恢复EMT时组蛋白修饰的变化;

2) 索拉非尼显著抑制EMT相关关键基因的表观遗传开关,例如E-cadherinfibronectinTGF-b1, SnailSlug;

3) 索拉非尼通过调节HATHDAC的表达水平促进组蛋白乙酰化

四、研究结论

总之,我们发现索拉非尼(Sorafenib)通过表观调控机制抑制人肺上皮细胞的EMT过程,揭示了表观标志物作为治疗人类恶性肿瘤的药物靶点具有巨大的希望。

                     

     

1. 4种组蛋白修饰在基因区和启动子区的整体变化                                                  2. 索拉非尼抑制TGFβ1诱导的EMT

 



 

 

 

       


       图3. EMT相关基因ChIP信号及转录关系                                                                 4. 索拉非尼调节HATHDACs的表达水平

 



 

案例分析二

迁移细胞中的异染色质表观修饰研究

The Heterochromatin Landscape in Migrating Cells and the Importance of H3K27me3 for Associated Transcriptome Alterations. Cells. 2018; 9;7(11). pii: E205. (IF=31.398)

一、研究背景

H3K9me3H3K27me3H4K20me1是与染色质缩合和转录抑制相关的表观遗传标记。先前研究表明黑色素瘤细胞的迁移与全基因组染色质凝集有关,并且依赖于这些标记物的整体增加。为了了解这些标记物在迁移细胞中的作用,该研究通过ChIP-seq分析绘制了它们的图谱。

二、方法流程

1、取材:小鼠黑色素瘤B16-F1

2、测序:染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)

         转录组测序(RNA-Seq)

3、验证:ChIP-qPCR: DHMR

         RTq-PCR: 基因转录变化

4、功能:

三、研究结果

1) 迁移的诱导导致H3K9me3H3K27me3H4K20me1这些标记沿着基因组的扩展以及它们之间的重叠增加;

2) 迁移诱导在重复元件上导致H3K9me3H4K20me1信号比在蛋白编码基因上显著增加,而H3K27me3则相反;

3) 转录组分析显示182个在迁移诱导后发生改变的基因,其中33%的基因依赖H3K27me3改变。

四、研究结论

综上所述,迁移细胞中的异染色质化是全基因组范围的,并不局限于特异基因组位点,H3K27me3是执行迁移特异转录计划的关键因素。

                  

1. H3K9me3H3K27me3H4K20me1在迁移诱导下的信号模式                                                                2. ChIP-seq信号在不同基因组元件的分布


                            

                             图3. 在基因组元件上异染色质标记的显著的组合模式                                                      4. 迁移诱导RNA稳定性的变化

染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-Seq)结果展示

染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-Seq)常见问题

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